Molecular Characterization Of SARS-Cov-2 Infection In Kuwait

Coronavirus الناجم عن رواية متلازمة الالتھاب الرئوي الحاد الشديد (COVID- يشكل تفشي الفيروس التاجي المستمر ( 19
2) تھديدًا خطيرًا للصحة العامة العالمية وقد أعلنت منظمة الصحة العالمية أنھ جائحة. في الكويت ، ارتفع عدد (SARS-CoV-2
مؤخرًا بشكل كبير ، حيث سجل> 3000 حالة مؤكدة و 20 حالة وفاة COVID- حالات 19
تم الوصول إليھ في 26 أبريل 2020 ). يمكن أن تتسبب الإصابة ، /https://www.worldometers.info/coronavirus)
في مجموعة متنوعة من النتائج السريرية التي تتراوح من أعراض غير خفيفة إلى أكثر حدة ، CoV- بمرض السارس - 2
وأعراضًا مھددة للحياة غالباً ما تكون مھددة للحياة مثل ضيق التنفس الحاد والإنتان والالتھاب الرئوي وفشل الأعضاء المتعددة.
في الكويت لا تزال غير محددة. في ھذه الدراسة ، سيتم تسجيل 100 مريض مصاب بعدوى CoV- الخصائص الجينية للسارس 2
المؤكدة مختبرياً من مستشفيين في الكويت ، مستشفى مبارك الكبير ومستشفى جابر الأحمد. سيتم تأكيد المسحات COVID-19
، (RT-PCR) النسخ العكسي PCR باستخدام SARS-COV- البلعومية الأنفية التي تم الحصول عليھا من المرضى لوجود 2
سيتم ربط عدم التجانس .Oxford Nanopore MinION بواسطة تقنية (WGS) ثم تخضع العينات لتسلسل الجينوم الكامل
بالبيانات السريرية والديمغرافية للمرضى (العمر والجنس والجنسية CoV - الوراثي والعلاقة الوراثية لسلالات عزلة سارس - 2
CoV- ومدة وشدة المرض والنتيجة). ستوفر بيانات ھذه الدراسة معلومات قيمة حول التوصيف الجزيئي لعزلات السارس 2
المتداولة بين السكان في الكويت. أيضا ، ستوفر ھذه الدراسة المعرفة حول العلاقة بين أنواع الفيروس والنتائج السريرية في
في WGS المتداولة في الكويت من قبل COV- المرضى المصابين. قد يساعد التحديد والتوصيف المستقبلي لأنواع السارس 2
تحسين إدارة المرضى المصابين وسيضيف إلى المعرفة العالمية حول ھذا الفيروس الجديد الذي سيساعد على تصميم لقاح فعال .

The ongoing coronavirus outbreak (COVID-19) caused by the novel Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) poses a severe threat to global public health and has been declared a pandemic by the World Health Organization. In Kuwait, the number of COVID-19 cases has recently increased dramatically, recording >2000 confirmed cases and 15 deaths (https://www.worldometers.info/coronavirus/, accessed on April 24, 2020). Infection with SARS-CoV-2 can cause a variety of clinical outcomes ranging from asymptomatic and mild to more severe, often fatal life-threatening symptoms such as acute respiratory distress, sepsis, pneumonia and multiple organ failure. The genetic characteristics of SARS-CoV-2 in Kuwait are still undefined. In this study, 100 patients with laboratory-confirmed COVID-19 infection from two hospitals in Kuwait, Mubarak Al-Kabeer and Jaber Al-Ahmad hospital will be enrolled. Nasopharyngeal swabs obtained from the patients will be confirmed for the presence of SARS-COV-2 using reverse-transcription PCR (RT-PCR), and then the samples will be subjected to whole-genome sequencing (WGS) by Oxford Nanopore MinION technology. The genotypic heterogeneity and phylogenetic relationship of SARS-CoV-2 isolates will be correlated with patients’ clinical and demographic data (age, gender, nationality, duration and severity of disease and outcome). The data of this study will provide valuable information about the molecular characterization of the SARS-CoV-2 isolates circulating among the population in Kuwait. Also, this study will provide knowledge on the correlation between the types of the virus and the clinical outcome in infected patients. The prospective identification and characterization of the SARS-COV-2 types circulating in Kuwait by WGS may help in better management of the infected patients and will add to the global knowledge about this novel virus which will aid to design a potent vaccine.