Development of an In-House COVID-19 RT-PCR Based Diagnostics Kit with 100% Specificity and Sensitivity with A 3000-5000 sample/day Testing Capacity

اكتشاف فيروس كورونا الجديد (COVID-19) في ووهان بالصين في ديسمبر الماضي في جميع أنحاء العالم ، مما أثر على ما يقرب من 700000 شخص اعتبارًا من 29 مارس 2020. تشمل الأعراض السريرية للعدوى الحمى في حوالي 90٪ من الحالات ، والسعال الجاف في 70٪ والإرهاق في 40٪ من الحالات بالإضافة إلى مجموعة من الأعراض الأخرى بما في ذلك إنتاج البلغم (33٪) وضيق التنفس (19٪) والتهاب الحلق (14٪) والصداع (14٪) وألم عضلي أو مفصلي (15٪). من بين العديد من الأشخاص الذين تم تشخيص إصابتهم بـ CoVID-19 ، كان لدى حوالي 80 ٪ من الحالات المبلغ عنها في الصين أعراض خفيفة إلى معتدلة وكان الباقون يعانون من أعراض شديدة وحرجة تشمل فشل الجهاز التنفسي و / أو الصدمة الإنتانية و / أو ضعف / فشل أعضاء متعددة. كما تم تقدير أن متوسط فترة حضانة الفيروس تتراوح من خمسة إلى ستة أيام ويمكن أن تصل إلى 14 يومًا. ومما يزيد الأمر سوءًا حقيقة أن هذا الفيروس لديه رقم تكاثر أساسي (R0) بين 2 و 3 في أماكن من الصين. بالإضافة إلى ذلك ، تم الإبلاغ عن اكتشاف الفيروس في الأشخاص الذين لا تظهر عليهم أعراض. تم اختبار معظم الركاب والموظفين على متن السفينة السياحية Diamond Prince بغض النظر عن الأعراض ، وكانت 51 ٪ من الحالات المؤكدة في المختبر بدون أعراض في وقت التأكيد. وبالمثل، فإن 44٪ من الحالات المؤكدة مختبريًا في إيطاليا كانت بدون أعراض. كانت هذه الحالات بدون أعراض مسؤولة عن العديد من حالات انتقال المرض في الصين وإيطاليا. كانت طريقة الكشف الرئيسية هي RT-PCR التي أظهرت خصوصية حوالي 70 ٪ مقارنة بأشعة الصدر X-Ray. يمكن أن يحدث هذا القيد الرئيسي في اكتشاف RT-PCR بسبب عوامل متعددة بما في ذلك الحمل الفيروسي المنخفض الذي يجعل اكتشاف الفيروس صعبًا. نظرًا لأهمية تشخيص الأشخاص المصابين بـ COVID-19 ، فقد كنا مهتمين بتطوير طريقة جديدة للكشف عن الفيروسات تعتمد على RT-PCR المتداخلة والتي يمكن أن تظهر خصوصية أعلى ويمكن تصنيعها محليًا. سيسمح لنا هذا أيضًا بمكافحة الفيروس بشكل أفضل ووقف انتشاره.

The detection of the novel coronavirus (COVID-19) in Wuhan, China last December has spread across the globe affecting close to 700000 people as of March 29,2020. Clinical symptoms for the infection includes fever in about 90% of the cases, dry cough in 70% and fatigue reported in 40% of the cases as well as a range of other symptoms including sputum production (33%), dyspnoea (19%), sore throat (14%), headache (14%) and myalgia or arthralgia (15%). Among the many people diagnosed with CoVID-19, about 80% of reported cases in China had mild to moderate symptoms and the rest had severe and critical symptoms that included respiratory failure, septic shock, and/or multiple organ dysfunction/failure. It has also been estimated that the median incubation period for the virus ranges from five to six days and can last up to 14 days. Making the matter worse is the fact that this virus has a basic reproduction number (R0) between 2 and 3 in settings from China. Additionally, it has been reported that the virus has been detected in asymptomatic persons. On the Diamond Prince cruise ship most of the passengers and staff were tested irrespective of symptoms, 51% of the laboratory confirmed cases were asymptomatic at the time of confirmation. Similarly, 44% of the laboratory-confirmed cases in Italy have been asymptomatic. These asymptomatic cases have been responsible for many of the cases of the disease transmission in China and Italy. The main detection method has been RT-PCR which has demonstrated about 70% specificity as compared to chest -X-Ray. This main limitation in the RT-PCR detection can be caused by multiple factors that including a low viral load that makes the virus hard to detect. Given the importance of diagnosing people with COVID-19, we have been interested in developing a novel method for viral detection based on nested RT-PCR that can demonstrated higher specificity at a cheaper coast and can be manufactured locally. This will also allow us to better fight the virus and stop its spread.